czasach starożytnych na wzgórzu w Tyńcu istniał gród, który służył jako schronienie dla okolicznej ludności w momentach zagrożenia. W 1044 roku Kazimierz Odnowiciel sprowadził do Tyńca benedyktynów, którzy wkrótce wznieśli pierwsze murowane budowle: romański kościół oraz budynki klasztorne z niewielkim wirydarzem arkadowym. Pierwszym opatem został Aron, mnich z Cluny, późniejszy biskup krakowski. Nie zachował się akt fundacyjny Tyńca, podobnie jak nie zachowały się dokumenty żadnej polskiej instytucji z XI wieku. Dlatego niektórzy badacze skłaniają się ku tezie, iż sprowadzenie mnichów do Tyńca odbyło się za czasów oraz z inicjatywy Bolesława Śmiałego i związane było z jego koronacją na tronie krakowskim.
Od 1247 roku obronne znaczenie klasztoru wzrosło, ponieważ stał się twierdzą nadgraniczną. Opactwo otoczono murem obwodowym
fot. ZeroJeden, VII 2011
wzmocnionym basztami. W 1259 roku klasztor został zniszczony podczas najazdu tatarskiego. Klasztor odbudowano, jednak ponownie zniszczyły go wojska biskupa Jana Muskaty w 1306 roku. Został wzniesiony zamek na planie trójkąta z wieżą od strony skarpy wiślanej. Całość otaczał mur obronny z blankami i strzelnicami od strony Wisły, wzmocniony wysokimi skarpami. Wzdłuż muru biegł chodnik dla straży. Wjazd prowadził przez dwie bramy z potężnymi dębowymi wrotami i opuszczaną broną.
W XIV wieku warownia posiadała wieżę obronną oraz budynek starostwa, a wjazd prowadził przez dwie bramy. W pierwszej połowie XV wieku, po przesunięciu granicy państwa polskiego na południowy zachód, klasztor utracił na znaczeniu jako twierdza. Zaniedbane fortyfikacje zostały odnowione, ale w połowie XV wieku budynek wykorzystywany wcześniej przez załogę królewską został odstąpiony zakonnikom i zaadaptowany na mieszkania opatów. W XVI wieku założenie rozbudowano. W 1457 roku król Kazimierz Jagiellończyk wykupuje księstwa oświęcimskie
Widok klasztoru zza Wisły na litografii J.Brydaka z 'Albumu widoków Krakowa', Kraków 1875
i zatorskie i przyłącza je do Polski. Tyniec traci znaczenie jako graniczna strażnica. W czasach króla Zygmunta Starego po raz ostatni przeprowadzono remont mocno zaniedbanych fortyfikacji. Budynek zamku przeszedł na własność zakonu i został zaadaptowany na siedzibę opata. Pomimo to wojskowa załoga królewska przebywała na terenie klasztoru do XVII wieku.
Klasztor znacznie ucierpiał podczas wojen szwedzkich. W XVII wieku wzniesiono u podnóża wzgórza klasztornego mury obronne z basztami, które później unowocześniono o bastiony. W czasie „potopu” szwedzkiego w latach 1655-57 klasztor został ograbiony i zniszczony.
Bliskie sąsiedztwo z Krakowem sprawiło, że klasztor był wykorzystywany w XVIII wieku przez wojska w czasie Konfederacji Barskiej. Podczas prac budowlanych prowadzonych od 1769 roku klasztor tyniecki stał się silną bastionową fortecą, wielokrotnie nękaną przez obce wojska. Wzgórze otoczono murem ze strzelnicami oraz wałem ziemnym z ostrokołem. Całość wzmacniały dwie półkoliste baszty.
W 1831 roku zniszczone zabudowania klasztorne strawił
Zamek na rysunku Alfreda Schouppé z 1894 roku
pożar, po którym zaprzestano użytkowania twierdzy. Po rozbiorach Tyniec znalazł się w zaborze austriackim. Zaborcy w roku 1816 likwidują opactwo.
Dopiero w okresie międzywojennym do klasztoru powrócili benedyktyni, którzy stopniowo dźwignęli go z ruin.W lipcu 1939 dzięki wsparciu biskupa krakowskiego, księcia Adama Sapiehy do Tyńca powrócili benedyktyni. Następuje trwająca wiele lat odbudowa klasztoru zakończona dopiero na początku XXI wieku. Dzisiaj większość klasztornych zabudowań jest już odnowiona. Zachowały się fundamenty pierwszego romańskiego kościoła oraz fragmenty gotyckich murów i fortyfikacji XVIII-wiecznej fortecy. Relikty dawnego zamku kryją w sobie mury budynku zwanego dzisiaj Opatówką. Klasztor jest częściowo udostępniony do zwiedzania. Opactwo w Tyńcu jest najstarszym z istniejących klasztorów w Polsce.